karyotype文件格式

1、基本格式：

chr - ID LABEL START END COLOR

• chr 染色体
  • parent struct 一般只有条带信息才会指明parent是哪条染色体
• ID是该条数据的代号
• label是在图中显示在ideogram旁边的文字

例如人的核型文件：karyotype.human.txt

chr - hs1 1 0 249250621 chr1
chr - hs2 2 0 243199373 chr2
chr - hs3 3 0 198022430 chr3
...
chr - hs22 22 0 51304566 chr22
chr - hsX x 0 155270560 chrx
chr - hsY y 0 59373566 chry

人的条带文件：

band hs1 p36.33 p36.33 0 2300000 gneg
band hs1 p36.32 p36.32 2300000 5400000 gpos25
band hs1 p36.31 p36.31 5400000 7200000 gneg
...
band hsY q11.223 q11.223 22100000 26200000 gpos50
band hsY q11.23 q11.23 26200000 28800000 gneg
band hsY q12 q12 28800000 59373566 gvar

条带信息文件可以从UCSC Genome Viewer Table Browser (Mapping and Sequencing Tracks > Chromosome Band) 获得