可变的半径

你可以自定各个染色体半径:

chromosomes_radius = hs1:0.5r;hs2:0.55r;hs3:0.6r;hs4:0.65r;hs5:0.7r;hs6:0.75r;hs7:0.8r;hs8:0.85r;hs9:0.9r;hs10:0.95r

一旦使用chromosomes_radius重新定义了ideogram的径向位置,与该表意文字(图形,链接,文本等)相关联的所有功能将自动重新定位,以匹配新的表意文字位置。换句话说,你不需要记住,特定的ideogram可能在不同的位置。

通过标签修改半径:

chromosomes = hs1[a]:0-50;hs1[b]:150-);hs2[c]:0-50;hs2[d]:150-);hs3[e]
chromosomes_radius = hs1:0.8r;a:0.9r;d:0.8r

注意对于同一个染色体,后面的标签会覆盖前一个标签。

避免label被掩盖

当减少ideogram的半径时,您可能会发现刻度和标签聚集在一起。在这些情况下,在块中使用tick_separation和label_separation参数来定义刻度和标签之间的最小距离是有用的。

conf

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>

<<include ideogram.conf>>
<<include ticks.conf>>

<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>

karyotype   = data/karyotype/karyotype.human.hg19.txt

chromosomes_units           = 1000000
chromosomes_display_default = yes
chromosomes_radius          = hs1:0.40r;hs2:0.43r;hs3:0.45r;hs4:0.48r;hs5:0.50r;hs6:0.53r;hs7:0.56r;hs8:0.58r;hs9:0.61r;hs10:0.63r;hs11:0.66r;hs12:0.69r;hs13:0.71r;hs14:0.74r;hs15:0.77r;hs16:0.79r;hs17:0.82r;hs18:0.84r;hs19:0.87r;hs20:0.90r;hs21:0.92r;hs22:0.95r;hsX:0.97r;hsY:1.00r
<<include etc/housekeeping.conf>>

完整confhere

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