染色体局部尺寸调整

1、通过标签：

当我们需要将一整条染色体切成好几片段的时候，对片段进行尺度调整时可以借助标签。这个标签可以唯一代表一个片段：

chromosomes = hs1[a]:0-20;hs2[b]:0-20;hs1[c]:20-40;hs2[d]:20-40;hs1[e]:40-60;hs2[f]:40-60 chromosomes_scale = a:0.5;b:0.5;e:5;f:5

chromosomes = hs1[a]:0-50;hs1[b]:50-60;hs1[c]:60-) chromosomes_scale = b:10

左括号表示起始，右括号表示染色体终止

下面scale的冒号+数字的组合代表了放缩比例。

这里给大家一些小建议：在计算这个缩放比例的时候不要盲目地去试探。相反的，你应该计算出某一段跨度的长度。再结合你想要呈现出来的比例，加上其他各条ideogram的长度综合计算去给出一个合适的比例。

2、Zoom神器

在之前的方法中我们要扩展局部的话需要把染色体切开分成一段一段的，这个有的时候并不是很方便。那么circos还提供了一种更加直接的方法：zoom 当然这种方法的语句被定义在zooms板块儿中，先看一个小例子：

<zooms>
 <zoom>
 chr = hs1
 start = 100u
 end   = 120u
 scale = 5
 </zoom>
 <zoom>
 chr = hs1
 start = 120u
 end   = 130u
 scale = 10
 </zoom>
</zoom>

我们用start和end来制定缩放的区域，单位用的unit，这个u是自己指定的，比如作者的例子中是1mb。

3、zoom的文件格式：

                                  START       END
zoomregion ideogram 0 chr hs1         0  99999999 scale  1.00 absolutescale  1.00
zoomregion ideogram 0 chr hs1  99999999 119999999 scale  2.00 absolutescale  2.00
zoomregion ideogram 0 chr hs1 119999999 129999999 scale  3.00 absolutescale  3.00
zoomregion ideogram 0 chr hs1 129999999 139999999 scale  5.00 absolutescale  5.00
zoomregion ideogram 0 chr hs1 139999999 142500001 scale 10.00 absolutescale 10.00
zoomregion ideogram 0 chr hs1 142500001 247249719 scale  1.00 absolutescale  1.00
zoomregion ideogram 1 chr hs2         0  99999999 scale  1.00 absolutescale  1.00
zoomregion ideogram 1 chr hs2  99999999 119999999 scale  0.50 absolutescale  2.00
zoomregion ideogram 1 chr hs2 119999999 139999999 scale  0.25 absolutescale  4.00
zoomregion ideogram 1 chr hs2 139999999 160000001 scale  0.10 absolutescale 10.00
zoomregion ideogram 1 chr hs2 160000001 180000001 scale  0.25 absolutescale  4.00
zoomregion ideogram 1 chr hs2 180000001 200000001 scale  0.50 absolutescale  2.00
zoomregion ideogram 1 chr hs2 200000001 242951149 scale  1.00 absolutescale  1.00

定义好区域和缩放，我们会发现这里的开始和结束区域都没有重叠，那么重叠之后应该怎么办呢？ 某个位点的缩放比例如果有多个值，circos会自动选取最大比例值

3、1 用smooth使变化更加平滑

如果靠得很近的区域进行了缩放，且比例相差巨大的话可能会影响美观。circos添加了smooth选项，使在不同缩放区域能产生平滑的过渡。

<zoom>
chr    = hs1
start  = 120u
end    = 125u
scale  = 10
smooth_distance = 2r
smooth_steps    = 10
</zoom>

以上块儿中定义了染色体1上，扩展10x规模的5Mb的区域。平滑距离为2r = 10Mb（这里的“r”是相对于缩放区域的大小，2*5=10mb），并且平滑被应用在10个步骤上。每个平滑步长为10Mb / 10 = 1Mb（它这里是假设从10倍变到1倍），并且刻度在平滑区域之间线性减小。

您还可以以相对单位（r），染色体单位（u）或基数（b）定义smooth_distance参数。官网配置文档：here

用highlights辅助理解缩放：

.conf

官网[here] (http://circos.ca/documentation/tutorials/scaling/zooming/configuration)

f）染色体局部尺度调整