COMBINING SCALES
在最后一节中作者将之前提到过的方法综合在了一起,并且在highlights的基础上添加了条形图,来更加生动地呈现这个比例的变化:
我们从案例图形来说明:
- 在hs1上,作者有两个zoom区域,一个X10,一个X0.2 两个区域都设置的渐变,但是遵从冲突时优先考虑比例更大的那个zoom(X10)于是这里出现了一个陡峭的变化(红色箭头所指),目前circos还没有发明解决这个问题的方法
- 在hs3上,中间有10X,两边有0.5X ,他们的过渡区域没有重叠。
注意:
- 当你准备开始改变尺寸的时候,你要考虑你的标签是否合适。不要太密集或者太松散
- 如果你需要scale调整,最好让你的意图清晰地表露出来,比如像作者那样加上highlights一类的。
- circos会贴心为你输出scale信息,你可以把这部分信息加到图注说明:
...
zoomregion ideogram 1 chr hs2 17000001 18000001 scale 2.82 absolutescale 2.82
zoomregion ideogram 1 chr hs2 18000001 19000001 scale 2.55 absolutescale 2.55
zoomregion ideogram 1 chr hs2 19000001 20000001 scale 2.27 absolutescale 2.27
zoomregion ideogram 1 chr hs2 20000001 40000000 scale 2.00 absolutescale 2.00
zoomregion ideogram 2 chr hs2 59999999 60000001 scale 1.83 absolutescale 1.83
zoomregion ideogram 2 chr hs2 60000001 61000001 scale 1.75 absolutescale 1.75
zoomregion ideogram 2 chr hs2 61000001 62000001 scale 1.67 absolutescale 1.67
zoomregion ideogram 2 chr hs2 62000001 63000001 scale 1.58 absolutescale 1.58
zoomregion ideogram 2 chr hs2 63000001 64000001 scale 1.50 absolutescale 1.50
zoomregion ideogram 2 chr hs2 64000001 65000001 scale 1.42 absolutescale 1.42
zoomregion ideogram 2 chr hs2 65000001 66000001 scale 1.33 absolutescale 1.33
zoomregion ideogram 2 chr hs2 66000001 67000001 scale 1.25 absolutescale 1.25
...
其中的absolute_scale=max(scale,1/scale).
官方配置文档:here