COMBINING SCALES

在最后一节中作者将之前提到过的方法综合在了一起,并且在highlights的基础上添加了条形图,来更加生动地呈现这个比例的变化:

我们从案例图形来说明:

  • 在hs1上,作者有两个zoom区域,一个X10,一个X0.2 两个区域都设置的渐变,但是遵从冲突时优先考虑比例更大的那个zoom(X10)于是这里出现了一个陡峭的变化(红色箭头所指),目前circos还没有发明解决这个问题的方法
  • 在hs3上,中间有10X,两边有0.5X ,他们的过渡区域没有重叠。

注意:

  • 当你准备开始改变尺寸的时候,你要考虑你的标签是否合适。不要太密集或者太松散
  • 如果你需要scale调整,最好让你的意图清晰地表露出来,比如像作者那样加上highlights一类的。
  • circos会贴心为你输出scale信息,你可以把这部分信息加到图注说明:
...
zoomregion ideogram 1 chr hs2  17000001  18000001 scale  2.82 absolutescale  2.82
zoomregion ideogram 1 chr hs2  18000001  19000001 scale  2.55 absolutescale  2.55
zoomregion ideogram 1 chr hs2  19000001  20000001 scale  2.27 absolutescale  2.27
zoomregion ideogram 1 chr hs2  20000001  40000000 scale  2.00 absolutescale  2.00
zoomregion ideogram 2 chr hs2  59999999  60000001 scale  1.83 absolutescale  1.83
zoomregion ideogram 2 chr hs2  60000001  61000001 scale  1.75 absolutescale  1.75
zoomregion ideogram 2 chr hs2  61000001  62000001 scale  1.67 absolutescale  1.67
zoomregion ideogram 2 chr hs2  62000001  63000001 scale  1.58 absolutescale  1.58
zoomregion ideogram 2 chr hs2  63000001  64000001 scale  1.50 absolutescale  1.50
zoomregion ideogram 2 chr hs2  64000001  65000001 scale  1.42 absolutescale  1.42
zoomregion ideogram 2 chr hs2  65000001  66000001 scale  1.33 absolutescale  1.33
zoomregion ideogram 2 chr hs2  66000001  67000001 scale  1.25 absolutescale  1.25
...

其中的absolute_scale=max(scale,1/scale).

官方配置文档:here

作者的示范案例:

官网conf

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