Ideogram(染色体)
ideogram的直译是表形文字，但这个概念还比较模糊，其实在我们的circos图中，ideogram指的是圈圈的主体。最常用的比如我们的染色体。
当然根据我们的需要我们还可以将这个主体换成染色体中具体的某些片段、contig、或者任何基因组上的片段。 之所以称之为主体，因为我们可以发现其他的图形，比如下面的链接，标签，heatmap，highlights等等，都是依附主体而存在的，为什么呢？因为主体包含了位置信息，而这是其他图形的作图基础。
本节将展示绘制一张图像所需的最少的Circos代码。 当然有一些参数在代码中具有内置的默认值（比如用include的方法定义导入的文件），有这些默认设置不是为了方便，而是为了更安全（防止代码量过大，随意改动造成错误）。
本节图像将显示人的24条染色体片段图。 随着教程的进行，我们将陆续添加诸如bands,labels,ticks,data等信息
先看看conf文件：
MINIMUM CONFIGURATION
# circos.conf
karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt #包含了核型信息的文件
<ideogram>
<spacing>
default = 0.005r #两条染色体之间的间距（相对距离，整个基因组长度的0.5%）
</spacing>
radius = 0.9r #图像摆放的半径
thickness = 20p #染色体的粗细
fill = yes #是否要填充颜色
</ideogram>
################################################################
# The remaining content is standard and required. It is imported
# from default files in the Circos distribution.
#
# These should be present in every Circos configuration file and
# overridden as required. To see the content of these files,
# look in etc/ in the Circos distribution.
<image>
# Included from Circos distribution.
<<include etc/image.conf>>
</image>
# RGB/HSV color definitions, color lists, location of fonts, fill patterns.
# Included from Circos distribution.
<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
# Debugging, I/O an dother system parameters
# Included from Circos distribution.
<<include etc/housekeeping.conf>>
参数详解：
- ideogram：定义了图像的位置，大小，标签和其他属性。 这些片段通常是染色体，但可以是任何整数轴。
- spacing：定义了ideogram之间的组距（相邻两个染色体条块之间的距离），r用小数表示百分之几，区块儿结束时需要使用"/spacing"
- radius： 图形径向位置
- thickness： 图形的宽度，有绝对和相对两种表示方法：
- 绝对法：XX p p表示pixel - 相对：XXr 表示半径的百分之多少（小数表示百分数，0.005=0.5%） - fill：表示染色体是否被填充，可选值为 yes/no
- yes：填充颜色为last field in the karyotype file。或者由chromosomes_colors文件所决定，具体的[颜色参照](http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/configuration_files) - no：则只描边，边框的颜色由：下面的参数决定（stroke_color,stroke_thickness）
开始动手：
- 拷贝上面的 circos.conf 代码到一个新的自己建立的编辑器中，如try_1.conf.
- 执行文件 circos -conf try_1.conf -outputdir ./ （注意如果不命名的话将默认采用circos.png为名称）
- 执行完毕，查看当前文件夹中的circos.png