cropping

有的时候你不需要画出整条染色体，这时候你有两种方式：

• 定义你想要的区段
• 去掉你不想要的区段

一定不要使用karyotype.file去修改你的区段

1、显示染色体部分区段

使用方法

chromosomes = ...;ID:START-END;...

例如

chromosomes_units = 1000000 #1M chromosomes = hs1:0-100;hs2:50-150;hs3:50-100;hs4;hs5;hs6;hs7;hs8

第一句定义了单位;1M, 第二句表明了只要hs1的1-100Mb的区域，hs2:50-150Mb的区域....

2、去掉染色体部分区域

chromosomes = hs1;hs2;hs3;hs4;hs5;hs6;hs7;hs8 chromosomes_breaks = -hs1:100-200;-hs2:0-50;-hs2:150-);-hs3:0-50

注意这里的反括弧表示结尾。也就是去掉2号染色体的150M到结尾

2、染色体单位

在之前我们定义了单位之后，接下来我们就可以愉快使用这个单位了，使用方式为u后缀：

chromosomes_units = 1000000 #1M spacing = 5u

比如在定义ticks的间隔时，上面的语句表示每隔5M画一条。

另外一种方式，我们也可以使用相对长度来定义：

chromosome_units=0.001r

这里的r表示的是整个圈圈的长度，比如整个人的基因组长度大约为3G，那么0.001r约为3M

conf

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>

<<include ideogram.conf>>
<<include ticks.conf>>

<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>

karyotype   = data/karyotype/karyotype.human.txt
chromosomes_units           = 1000000
chromosomes_display_default = no

# to explicitly define what is drawn
#chromosomes                  = hs1:0-100;hs2:50-150;hs3:50-100;hs4;hs5;hs6;hs7;hs8

# use chromosomes_breaks to indicate which regions you want to supress
#chromosomes        = hs1;hs2;hs3;hs4;hs5;hs6;hs7;hs8
#chromosomes_breaks = -hs1:100-200;-hs2:0-50;-hs2:150-);-hs3:0-50

# combine region declarations and breaks
chromosomes = hs1:0-100;hs2:0-100;hs3:0-100;hs4:0-100;hs5;hs6;hs7;hs8
chromosomes_breaks = -hs1:25-75;-hs2:25-75;-hs3:25-75;-hs4:25-75;-hs5:75-);-hs6:0-10,75-);-hs7:75-);-hs8:75-)

<<include etc/housekeeping.conf>>