HISTOGRAMS 柱状图 条形图

基本设置与前两节类似，此处

type=histgram

文件格式：

hs1 1000 2000 0.5

整个区间都将被填充value=0.5

延伸条形图

我们可以通过设置：

extrnd_bin = yes

来延伸条形图。该bin的左侧和右侧将扩展到此端口和相邻bin之间的中间点，这个设置在默认情况下是开启的。但在有的时候你可以手动关闭（比如你想要区分那些没有数据的区域） 例如：

hs1 1000 2000 0.5 hs1 5000 5500 0.25 hs1 9000 9250 0.75

中间的bin 5000-5500的左边将扩展到avg（2000,5000）= 3500，右边的avg（5500,9000）= 7250。 因此，即使数据跨度不连续，直方图跟踪将在三个分区之间是连续的。

对于数据特别密集的情况还是建议使用折线图

处理过多数据点的问题

无论您是创建位图还是SVG图像，在图像上可绘制的量都比可以解决的要少得多。 例如，如果您的ideogram半径为1000像素，则表意符号上的圆周大约为6000像素。因此，您只有6000个可区分的位置可以绘制数据（例如散点图，线条图，直方图等）。但是如果您的数据集样本的位置比此最大可解析数例如，在1,000,000个不同数据在12,000个可区分位置上）那么很有可能会出现：

• （a）数据点或线将彼此堆叠和闭合
• （b）Circos会耗尽内存。 （Circos数百万数据输入）

为了更好地管理Circos中的大型数据集，您可以编写一个在数值倍数（例如100kb）位置规则。然而，Circos仍将读取所有数据值，并尝试将其存储在内存中。

skip_run

为避免读取所有数据，请使用skip_run和min_value_change参数。 skip_run参数设置时，只能使Circos只读取具有相同值的连续点集的第一个数据点。例如：

<plot>
skip_run = yes
...
</plot>
# data input
chr1 100 200 0.25 # read in
chr1 200 300 0.1  # read in
chr1 300 400 0.1  # not read in
chr1 400 500 0.1  # not read in
chr1 500 600 0.1  # not read in
chr1 600 700 0.3  # read in

最小变化：

要求读入的第n个值必须至少与读入的第（n-1）个值的min_value_change值相差（绝对差异）。例如，

<plot>
min_value_change = 5
...
</plot>
# data input
chr1 100 200 1   # read in
chr1 200 300 2   # not read in (difference = 1 < 5)
chr1 300 400 5   # not read in (difference = 4 < 5)
chr1 400 500 6   # read in     (difference = 5 >= 5)
chr1 500 600 3   # not read in (difference = 3 < 5)
chr1 600 700 13  # read in     (difference = 7 >= 5)
chr1

但是这样做也许会造成一些问题，比如这里从6——3——13的变化可能意味着某种反常现象，按道理来说不应该忽略。所以这种skip的办法不是万能的，建议在导入数据值之前先对数据进行处理。

设置坐标轴

如果不使用最小/最大值指定轴范围，则轴将被缩放以跨越数据的全部范围。 您可以显式设置轴范围。 例如：

min=-1
max=0

隐藏数据

上面的做法是通过隐藏一部分的坐标轴来达到隐藏数据。但有时我们希望显示完整的坐标轴又隐藏一部分特定的数据，我们可以这样：

<rules>
<rule>
condition  = var(value) < 0
show       = no
</rule>
</rules>

条形图朝向问题：

orientation = in

注意默认是朝外的

填充条形图：

fill_color=red

注意延伸的条形之间不会出现线条

官方conf here