直方图

之前的连线图表示的是位置关系,接下来的line plots, scatter plots, histograms and heat maps将表示各个位置上的数量关系。

1.1 数据格式:

1、基本格式如下:

chr start end value [options]

... hs3 196000000 197999999 71.0000 fill_color=blue hs3 198000000 199999999 57.0000 hs4 0 1999999 28.0000 hs4 2000000 3999999 40.0000 hs4 4000000 5999999 59.0000 ...

options还可能是另外的一些值,比如我们可以加上一些id来进行筛选:

# in data file
hs3 196000000 197999999 71.0000 id=abc

# in rule block
<rule>
condition  = var(id) eq "abc"
fill_color = blue
</rule>

2、堆叠条形图的数据格式:

#chr start end value,value,value,... [options]

... hs3 196000000 197999999 0.0000,7.0000,64.0000,0.0000 hs3 198000000 199999999 21.0000,6.0000,18.0000,12.0000 hs4 0 1999999 5.0000,3.0000,1.0000,19.0000 hs4 2000000 3999999 1.0000,6.0000,16.0000,17.0000 hs4 4000000 5999999 1.0000,13.0000,25.0000,20.0000

板块

<plots>

<plot>
type = histogram
...
</plot>

<plot>
type = histogram
...
</plot>

...
</plots>

柱形图

通常有两种柱形图:普通的(regular histgrams)或者堆叠式(stacked)的。 导入时要指定内外半径:

type = histogram
file = data/5/segdup.hs1234.hist.txt
r1   = 0.88r
r0   = 0.81r

柱子的具体参数设置:

  • 堆叠小块(bin)的延伸:extend_bin = no | yes
  • bin的填充的和线条:原始设置在默认文档:extend_bin = no | yes

    # etc/tracks/histogram.conf color = black thickness = 1 r1 = 0.89r r0 = 0.8r orientation = out

  • 朝向:orientation = in | out

同样可以使用rule作为修改调整(如何使用好rule请参阅2.1.4)

<rule>
condition = on(hs1)
show      = no
</rule>

同样可以用Var提取文本文件中的变量的值(2.1.4)

# in data file
hs3 196000000 197999999 71.0000 id=abc,mult=5
and then use them in a rule

<rule>
condition  = var(id) eq "abc"
fill_color = blue
value      = eval(var(value)*var(mult))
</rule>

堆叠图的颜色设置

当软件检测到多个值的时候,它会自动为每个值选择一个颜色。我们可以用fill_color来指定颜色:

hs3 198000000 199999999 21.0000,6.0000,18.0000,12.0000
fill_color  = hs1,hs2,hs3,hs4

用染色体的颜色为柱子上色。

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