直方图
之前的连线图表示的是位置关系,接下来的line plots, scatter plots, histograms and heat maps将表示各个位置上的数量关系。
1.1 数据格式:
1、基本格式如下:
chr start end value [options]
... hs3 196000000 197999999 71.0000 fill_color=blue hs3 198000000 199999999 57.0000 hs4 0 1999999 28.0000 hs4 2000000 3999999 40.0000 hs4 4000000 5999999 59.0000 ...
options还可能是另外的一些值,比如我们可以加上一些id来进行筛选:
# in data file
hs3 196000000 197999999 71.0000 id=abc
# in rule block
<rule>
condition = var(id) eq "abc"
fill_color = blue
</rule>
2、堆叠条形图的数据格式:
#chr start end value,value,value,... [options]
... hs3 196000000 197999999 0.0000,7.0000,64.0000,0.0000 hs3 198000000 199999999 21.0000,6.0000,18.0000,12.0000 hs4 0 1999999 5.0000,3.0000,1.0000,19.0000 hs4 2000000 3999999 1.0000,6.0000,16.0000,17.0000 hs4 4000000 5999999 1.0000,13.0000,25.0000,20.0000
板块
<plots>
<plot>
type = histogram
...
</plot>
<plot>
type = histogram
...
</plot>
...
</plots>
柱形图
通常有两种柱形图:普通的(regular histgrams)或者堆叠式(stacked)的。 导入时要指定内外半径:
type = histogram
file = data/5/segdup.hs1234.hist.txt
r1 = 0.88r
r0 = 0.81r
柱子的具体参数设置:
- 堆叠小块(bin)的延伸:extend_bin = no | yes
- bin的填充的和线条:原始设置在默认文档:extend_bin = no | yes
# etc/tracks/histogram.conf color = black thickness = 1 r1 = 0.89r r0 = 0.8r orientation = out
- 朝向:orientation = in | out
同样可以使用rule作为修改调整(如何使用好rule请参阅2.1.4)
<rule>
condition = on(hs1)
show = no
</rule>
同样可以用Var提取文本文件中的变量的值(2.1.4)
# in data file
hs3 196000000 197999999 71.0000 id=abc,mult=5
and then use them in a rule
<rule>
condition = var(id) eq "abc"
fill_color = blue
value = eval(var(value)*var(mult))
</rule>
堆叠图的颜色设置
当软件检测到多个值的时候,它会自动为每个值选择一个颜色。我们可以用fill_color来指定颜色:
hs3 198000000 199999999 21.0000,6.0000,18.0000,12.0000
fill_color = hs1,hs2,hs3,hs4
用染色体的颜色为柱子上色。