TEXT 文本标签

除了通过色块和连线来表示基因数据的关系，有时候我们也需要添加文字标签。 Text模块是plot模块中的子模块，是一种二维表示。一种基本的设置方法如下：

<plot>
type  = text
file  = data/6/genes.labels.txt
r1    = 0.8r
r0    = 0.6r
...
</plot>

你还需要为这个track设置好字体和标签大小。你还可以使用padding和rpadding去定义text的边缘：

label_font = light
label_size = 12p
rpadding   = 5p

其基本数据格式除了要求染色体名称和起始终止位置外，还应有value一栏，即text的内容。下面例子使用了人类基因组中部分omim和cancer相关基因名称的数据。值得注意的是，通常在大量数据情况下，text不能完整显示，特别是邻近位置，所以对于text排版的设置尤为重要：

官方conf

<plot>
 42 show   = conf(show_text)
 43 type   = text
 44 file   = data/genes.txt           #文本格式见下方
 45 color  = black
 46 r1     = 0.73r
 47 r0     = 0.415r
 48 label_size   = 9p
 49 label_font   = condensed
 50 rpadding     = 0r                 #径向填充
 51 padding      = 0r                 #角填充，具体细节见第二章
 52
 53 label_snuggle        = yes
 54 max_snuggle_distance = 1r
 55 snuggle_sampling     = 1
 56 snuggle_tolerance    = 0.25r
 57
 58 show_links     = yes
 59 link_dims      = 4p,2p,5p,2p,2p
 60 link_thickness = 2p
 61 link_color     = grey
 62
 63 <rules>
 64 <rule>      
 65 condition  = var(value) =~ /omim/         #正则匹配颜色区分
 66 color      = blue
 67 flow       = continue
 68 </rule>
 69 <rule>
 70 condition  = var(value) =~ /cancer/       #cancer就是红字
 71 color      = red
 72 label_font = bold
 73 flow       = continue
 74 </rule>
 75 <rule>
 76 # remove trailing _.* from label
 77 condition  = 1
 78 value      = eval(replace(var(value),qr/_.*/,""))
 79 </rule>
 80 </rules>
 81
 82 </plot>

genes.txt

1 hs10 100208866 100985609 HPSE2_other
  2 hs10 105343775 105605154 SH3PXD2A_other
  3 hs10 106390848 107014983 SORCS3_omim
  4 hs10 108323411 108914282 SORCS1_omim
  5 hs10 11087264 11418678 CUGBP2_other
  6 hs10 11099898 11418678 CUGBP2_other
  7 hs10 114196745 114568491 VTI1A_other
  8 hs10 116843113 117698484 ATRNL1_other
  9 hs10 1218073 1769670 ADARB2_omim
 10 hs10 123738678 124004045 TACC2_omim
 11 hs10 12431588 12908141 CAMK1D_other
 12 hs10 127693414 128067055 ADAM12_omim
 13 hs10 127719903 128067055 ADAM12_omim
 14 hs10 128584012 129140769 DOCK1_omim
 15 hs10 131155455 131455356 MGMT_omim
 16 hs10 13725712 14412872 FRMD4A_other
 17 hs10 14600564 14856902 FAM107B_other
 18 hs10 16905970 17211822 CUBN_omim
 19 hs10 18469611 18870694 CACNB2_omim