SCATTER PLOTS

在2D作图中，为了体现位置数量特征我们有时候会使用点图（比如绘制SNP数量的时候）。本节将描述如何绘制点图

1、默认设置

scatter将被定义在plot板块，默认配置在 etc/tracks中 对于每一个plot板块，你可以指定type=scatter 对于一个不想定义的变量可以使用 stroke_color = undef

# etc/tracks/scatter.conf
glyph            = circle
glyph_size       = 10
color            = grey
stroke_color     = black
stroke_thickness = 0
r1               = 0.79r
r0               = 0.7r
orientation      = out

基本语法：

所有的2D 数据轨道的设置几乎相同，对于scatter我们的设置方式是：


<plots>

<plot>

show  = yes
type  = scatter

file  = data/6/snp.density.txt
r1    = 0.75r
r0    = 0.90r
max   = 1.0
min   = 0.0

glyph            = rectangle
glyph_size       = 8
color            = red
stroke_color     = dred
stroke_thickness = 1

</plot>

</plots>

下面解释一下参数含义：

  • show - 与 highlights or links一样, 决定是否会展示
  • type - 定义类型，参数有scatter, line, histogram, heatmap, etc.
  • file - file that contains plot data
  • min/max - the range of the plot axis, data outside this range are clipped
  • r0/r1 - the inner and outer radius of the plot track, which may be formatted in absolute or relative (or mix) form, just like for highlights
  • glyph - scatter的形状，可选参数有circle, rectangle, or triangle
  • glyph_size - size of the glyph, in pixels
  • color - if used, the the glyph will be solid and of this color
  • stroke_color - if used, the glyph will have an outline of this color
  • stroke_thickness - if used, the glyph's outline will have this thickness, in pixels

基本数据格式

chr start end value options

例子：

# value 0.005 at span 1000-2000 hs1 1000 2000 0.005 # value 0.010 at span 2001-2001, e.g. a single base position hs1 2001 2001 0.010

注意请注意，值与显式跨度相关联，而不是单个基对位置。 值不在绘图参数中定义的最小/最大范围之外的点未绘制。 您不需要编写规则来排除这些点。

绘制背景：

r0和r1参数定义曲线轨迹的径向开始和结束位置。 您可以选择使用块向轨道添加背景填充。 使用以下参数

<backgrounds>
<background>
color = vvlgrey
</background>
</backgrounds>

通过定义几个background块，您可以对背景填充进行条带化和分层。 使用y0 / y1定义填充的径向范围。

<backgrounds>
<background>
color     = vlgrey
# absolute fill range
y1        = 0.5
y0        = 0
</background>
<background>
color     = vlred
# relative fill range
y1        = 1r
y0        = 0.75r
</background>
</backgrounds>

绘制径向刻度轴

上面的操作我们只是绘制了区域色块，我们还可以在径向上添加刻度

<axes>
<axis>
color     = grey
thickness = 1
spacing   = 0.05r
</axis>
</axes>

使用rule进行精确调控

如果我们已经对文本有一定的格式规范化，那么可以采用var函数来获取值

<rule>
condition    = var(value) > 0.5
stroke_color = dgreen
color        = green
glyph        = rectangle
glyph_size   = 6
</rule>

参考：2.1.4节 关于rule的使用 官网代码 here

results matching ""

    No results matching ""