以相对位置表现刻度

之前我们都是通过设置长度单位例如1Mb来设置刻度的，本节我们将展示如何用相对长度比如ideogram的1%来设置刻度。

这里有两种独立的刻度设定：

• 相对距离
• 相对标签

相对距离是用来将刻度周期设置为ideogram的百分之几。 而相对标签是用来使标签格式化为与ideogram的长度相对应。

relative spacing

<ticks>
<tick>
spacing_type = relative
rspacing     = 0.01
...
</tick>
...
</ticks>

这个设置表明刻度是ideogram的1%

请注意，相对间距参数不与绝对间距相冲突，绝对间距由“间距”参数定义。 这意味着您可以同时定义“spacing”和“rspacing”，然后通过定义spacing_type的值来切换相对间隔和绝对间距。

<ticks>
# this tick is relatively spaced
<tick>
spacing      = 10u
rspacing     = 0.01
spacing_type = relative
...
</tick>

# this tick is absolutely spaced
<tick>
spacing      = 10u
rspacing     = 0.01
spacing_type = absolute
...
</tick>
...
</ticks>

当然你可以混用两者，在不同的板块中使用不同的方式

<ticks>
# these ticks are every 1Mb (assumes chromosome_units=1000000)
<tick>
spacing      = 1u
spacing_type = absolute
...
</tick>

# these ticks are every 1% of ideogram 
<tick>
rspacing     = 0.01
spacing_type = relative
...
</tick>
...
</ticks>

- relative labels

当刻度是相对的时候，按理解来说label也应该是相对的。但是为了达到这一点，我们还需要完成以下设置：

<tick>
spacing_type   = relative
rspacing       = 0.01
label_relative = yes
format         = %.2f                 #标准格式化
...
</tick>

格式化小数定义

<tick>
spacing_type   = relative
rspacing       = 0.01
label_relative = yes
format         = %.2f # labels will be 0.01 0.02 0.03 ...
...
</tick>

通过rmultiplier更好地显示百分比

<tick>
spacing_type   = relative
rspacing       = 0.01
label_relative = yes
rmultiplier    = 100 # labels will be 1 2 3 4 ... 
format         = %d
</tick>

增加后缀

比如增加百分号

<tick>
spacing_type   = relative
rspacing       = 0.01
label_relative = yes
rmultiplier    = 100 
format         = %d
suffix         = %  # labels will be 1% 2% 3% ... 
</tick>

<tick>
spacing_type   = relative
rspacing       = 0.1
label_relative = yes
rmultiplier    = 10 
format         = %d
suffix         = "/10" # labels will be 1/10 2/10 3/10 ...
</tick>

不完整的ideogram

对于不完整的ideogram，比如我只选取了染色体的特别区间的片段，这时候，我只想对这些片段进行相对刻度的使用： 注意加上rdivisor

<tick>
spacing_type   = relative
rspacing       = 0.1
rdivisor       = ideogram
</tick>

官网here