刻度一般定义在ticks模块里，通常建议把关于刻度的定义全部写在ticks.conf文件里面。

控制是否要显示刻度和刻度标签

show_ticks       = yes
show_tick_labels = yes

注意如果你在调试图形的时候不想显示刻度（因为如果有上万条刻度和刻度标签需要绘制的话，会花费非常大量的时间）你可以使用命令：

bin/circos -noshow_ticks ...

控制是否不显示某几条染色体的label：

<ticks>
# ticks will be displayed on every ideogram by default
chromosomes_display_default = yes
# all ticks will be suppressed on ideogram hs1 and in region
# 0-50Mb on hs2 (range is expressed in units of chromosomes_unit),
# and in region 100Mb+ on hs3
chromosomes = -hs1;-hs2:0-50;-hs3:100-)
...
</ticks>

不显示某一间隔距离的标签：

<ticks>
chromosomes_display_default = yes         #如果是yes的话你需要定义那些不显示，如果是no的话需要定义哪些要显示 
chromosomes = -hs1;-hs2:0-100;-hs3:100-)

<tick>
spacing     = 10u
chromosomes = -hs2                        #这样间隔为10u 的tick就不会显示
...
</tick>

...
</ticks>

　局部和全局标签参数

以下设置局部和全局参数的方法是通用的：

<ticks>

  ... global tick parameters ...

  <tick>
  ... tick level parameters ...
  </tick>

  <tick>
  ... tick level parameters ...
  </tick>
  ...

</ticks>

详细内容请见here