文本数据格式DATA FORMAT

link文件有两种表示方式：

• one-line:
• two-line:

ONE-LINE FORMAT

hs1 100 200 hs2 250 300
hs1 400 550 hs3 500 750
hs1 600 800 hs4 150 350

表示hs1（一号染色体）的100-200（区间位置） 与 hs2的250-300 相关

TWO-LINE

segdup00010 hs1 100 200 
segdup00010 hs2 250 300
segdup00011 hs1 400 550
segdup00011 hs3 500 750
segdup00012 hs1 600 800
segdup00012 hs4 150 350

通过标签表示是一组，之后可能会暂停这种方式

LINK OPTIONS:

其他的特性也可设置：

hs1 100 200 hs2 250 300 color=blue
hs1 400 550 hs3 500 750 color=red,thickness=5p
hs1 600 800 hs4 150 350 color=black

添加Link文件

通常来说您都将使用多个link文件中的信息，基本的文本添加方式为：

<links>

 # global parameters here
 ...

 <link>
  file = /path/to/file
  # local parameters for this data set
  ...
 </link>

 <link>
  file = /path/to/file
  # local parameters for this data set
  ...
 </link>

 ...

</links>

有一个重要的参数，便是Z。设置每个数据集的z深度（如Z=0、5、15）。 具有较高z深度值的数据集将绘制在具有较低值的数据集之上。 通常情况下为了视觉上能区分，我们常把颜色浅的放在下面，深色放在上面。当然我们还可以通过后面的rule设定去通过修改线条颜色和粗细来区分。