Circos Tutorial 教程
Introduction
Chap1 快速上手
1.0 Hello World
1.1 Ideogram
1.2 Ticks And Labels
1.3 Selection And Scale
1.4 Links And Rules
1.5 Histograms
1.6 AXES & BACKGROUNDS
1.7 Heatmaps and Colors
1.8 Text 文本标签
Chap2 参数细节
2.1 Link 连接线
2.1.1 Link文本文件使用，线条覆盖
2.1.2 基本参数
2.1.3 曲线参数设置
2.1.3 曲线参数conf文件
2.1.4 有条件自定义修改-Rule的使用
2.1.4.1 基本语法
2.1.4.2 颜色、粗细、层次修改
2.1.4.3 区别染色体内和染色体间连线
2.1.5 色带 (Ribbon)
2.2 ideogram 主体
2.2.1 染色体核型文件格式
2.2.2 条带透明度设置
2.2.3 非染色体数据格式
2.2.4 指定染色体
2.2.5 染色体顺序
2.2.6 只显示特定区段
2.2.7 染色体间隙
2.2.8 通过标签调整ideogram顺序
2.2.9 不同染色体不同半径
2.2.10 标签Label
2.2.11 环体旋转
2.3 Highlights 高亮
2.3.1 文件定义，基本参数
2.3.2 层次 Z参数
2.3.3 用区间大小控制半径
2.3.4 高亮在染色体上
2.3.5 高亮透明度设置
2.3.6 全局变量和局部变量
2.3.7 用高亮做底板，同心圆
2.3.8 将高亮放在link上
2.4 ticks and labels刻度和标签
2.4.1 显示与否，局部全局参数
2.4.2 刻度的半径，间隔，朝向设置
2.4.3 解决刻度过于密集，重叠问题
2.4.4 解决标签过于密集
2.4.5 标签径向偏离
2.4.6 刻度网格
2.4.7 标签数值格式,后缀
2.4.8 相对刻度
2.4.9 特定位置加标签
2.4.10 为多条轨道添加刻度
2.4 scatter 点图
2.5 Line 折线图
2.6 Histgram 条形图
2.7 Tile 瓦片轨道
2.8 heatmap 热图
2.9 TEXT 文字标签
2.9.1 多级标签堆叠
2.9.2 显示序列
2.9.3 文字标签转换为图形
2..9.4 密度大小用泡泡体现
2.10 Connector 连接器
2.11 尺度刻度、批量操作
a) 增加图片的尺寸
b) 改变各条染色体比例
c) 尺度带来的刻度变化
d）指定染色体+/-刻度
e) 批量操作不同基因组
f）染色体局部尺度调整
g) 组合比例，添加heatmap和hist
2.12 网页交互
Chap3 实例示范
3.1 官网案例
3.2 个人案例
Chap4 实用工具
4..1 数据工具
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3.1 官网案例
官网案例
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