设置染色体、坐标轴之间的间隙

染色体之间可有设置间隙的宽度的样式

1、ideogram的间隙

一般默认值定义在ideogram的spacing板块

a）绝对空隙：

当你想要与label相适应做一些精确调整的时候，可以采用绝对空隙

<ideogram>
 <spacing>
  default = 10u
 </spacing>
</ideogram>

b)相对空隙：

当你想要在调整大局的时候间隙也跟着改变那么建议使用相对空隙

<ideogram>
 <spacing>
  default = 0.01r
 </spacing>
</ideogram>

关于相对和绝对的概念请参照上一节。

2、想要改变特定ideogram之间的空隙pairwise：

你可以尝试如下修改：

<ideogram>
 <spacing>
  default = 10u

  <pairwise hs1>
   spacing = 5u           #如果只写了一条染色体那么这条染色体两端都将产生指定间隔
  </pairwise>

  <pairwise hs3 hs4>
   spacing = 0.25r        #如果写了两条染色体那么只有两条染色体之间的间隔被修改了
  </pairwise>

 </spacing>
</ideogram>

！注意Y染色体的修改的话 是hsY 大写

3、AXIS BREAKS：

当仅绘制染色体的一个子区域时，您可以选择在ideogram上放置轴断点，以指示染色体范围大于图中所示。系统默认有两个轴断点样式，在break_style块中定义了样式属性。 轴断点的大小由中断参数控制，可以以绝对单位（u）或相对单位（r）

<ideogram>
  <spacing>

  default = 10u
  break   = 2u

  axis_break         = yes
  axis_break_style   = 2
  axis_break_at_edge = yes

  <break_style 1>
    stroke_color = black
    fill_color   = blue
    thickness    = 0.25r
    stroke_thickness = 2
  </break_style>

  <break_style 2>
    stroke_color     = black
    stroke_thickness = 3
    thickness        = 1.5r
  </break_style>

  </spacing>
</ideogram>

  • 如果一个ideogram没有从染色体开始或结束开始，您可以选择在axis_break_at_edge = yes的边缘放置一个轴断点。

  • thickness定义了断裂的径向范围，可以使用相对大小或者绝对大小。 通常，断裂样式1应具有厚度<1r，样式2应具有厚度> 1r。

  • 由样式1定义的轴断点使用矩形在断点之间加入ideogram。 样式2使用两条径向线表示断点。 断点的大小与两个ideogram之间的间距无关。 因此，如果两个相邻的ideogram在相邻端部断裂，则它们之间的总空间是断点大小和ideogram间距的总和。

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